第一章

1.神隠しの森

2.光虫

第二章

1.幾何学大学

2.扉の向こう

3.亜樹

4.ジム・カイン

5.疑惑の助手

6.桂樹のお仕事

7.小さき罪人

8.罠

9.罪なき手

10.橘の苦悩

11.幻の村

12.交錯

13.目覚め

14.記憶の欠片

15.夢の記憶

16.決意

第三章

1.幾何学大学の事象

2.メモリー

3.密約

4.パスワード

5.研究室で

6.今、何時？

7.絆

第四章

1.暗殺屋

2.クローン会議

3.足音

4.策動

5.誘拐

6.消えゆく命

第五章

1.叶う夢、叶わない夢

2.選挙

3.青山羊荘

4.偽りの笑顔

5.真実

6.リミット

7.帰省

8.明日の希望

第六章

1.クローン製造部

2.残された者

3.朝日の休息

4.記念日

5.戦時中

6.異変

7.動転

8.それから（終）

番外編

幼き日に

豪華ディナー

サクラの夢

独白

十樹の受難

神崎日記

百人祭

聖なる夜に

恋愛狂想曲

カンデレラ

花模様

幼き日に２